新港地名源自於清嘉慶年間的『新南港 』,新港街面四大庄漳州人疏遷至麻園寮,所形成的新聚落,目前行政區分為23村,範圍涵蓋清領時期的古笨港、打貓西堡與牛稠溪堡(下六庄)。
新港境內在史前時期,曾經是
洪雅族活動的場所,四處可見梅花鹿奔馳,來自中國與日本的漁民和海盜,有時會在這裏歇歇腳,先民把這一河口港稱為笨港。
笨港大略位置在今的新港水月庵到北港的碧水寺之間,1621年,顏思齊帶領著鄭芝龍等部眾,在笨港登陸,建立笨港十寨,引來漳泉先民拓耕墾殖,聚落漸成。至前清康熙時期,不僅是對外貿易的港口,也是盛極一時大市鎮『笨港街商賈輳集』臺屬近海此為最大。 十八世紀中期,已有小台灣之稱。
1750年笨港溪(今稱北港溪)氾濫將笨港街一分為二,成了笨港南街(笨南港)與笨港北街(笨北港)。1782年,漳泉械鬥泉人攻打笨南港,漳眾驚散,南港街頻遭焚搶。四年後又發生林爽文事件,板頭厝、南港街等七莊園遭燒毀。爾後又因笨港溪曲流氾濫,一連串天災人禍導致笨南港漳民,競相移徙至東南方的麻園寮,稱為新南港。原南港街稱舊南港,後因河道淤積,而終至沒落成一村落。
新南港延續了笨港街漳人的文化,是古笨港延伸的新聚落。直到清治末年,改稱為『新港』。1920年改名『新巷』, 1945年戰後才恢復為『新港』。